Le afte spesso iniziano con una sensazione di bruciore o pizzicore sul sito della futura afta. Entro qualche giorno si sviluppa un'area rossa o una bolla che precede una piccola ulcera aperta. Appare come un'apertura di forma ovale e colore bianco-giallastro, circondata da un anello rosso e infiammato, che nella maggioranza dei casi ha un diametro di circa 3-4 mm, ma può superare 1 cm nei casi più gravi, o anche essere grande meno di 1 millimetro; inoltre causa un dolore molto forte. Talvolta è possibile osservare un alone biancastro attorno alla lesione.